Convertida en un odiado símbolo del gobierno central por parte de la población de Barcelona, la Junta de Vigilancia lo mandó derribar en 1841, aunque dos años después, durante la Regencia de María Cristina de Borbón, ésta lo restauró dado que todavía no estaba totalmente destruido. Fue el General Prim el que decretó su donación a la ciudad.
Por fin, gracias a la Revolución de 1868, se procedió a la demolición de la Ciudadela, comenzando con el derribo de la torre de San Juan, prisión militar situada en la plaza de armas de la Ciudadela. De la fortaleza original quedaron sólo la capilla (actual Parroquia Castrense), el palacio del gobernador (actualmente un instituto de educación secundaria, el IES Verdaguer) y el arsenal, actual sede del Parlamento de Cataluña.